Lorsque la commune de Fontaine-la-Mallet est détruite par les bombardements de la Seconde Guerre mondiale, l’église ne résiste pas, à l’exception de son clocher campanile, qui finit cependant par être condamné en raison de son état. La reconstruction de l’église de Fontaine-la-Mallet débute dès 1954. Aujourd’hui, son presbytère, son escalier, les murs de sa terrasse et de son enclos sont classés monuments historiques. Forts de leur construction en brique et en silex, ils expriment en effet la singularité du patrimoine du XXe siècle.